La dirección del HVU-RC está encabezada por el director gerente y por el director veterinario. El gerente está al cargo de toda la estructura de la Fundación y de la administración de la misma. El director Veterinario está al cargo de la parte veterinaria y docente, respondiendo ante el gerente y el Patronato de la Fundación Pública Galega Rof Codina.

El HVU-RC se divide en áreas, con su correspondiente jefatura, de los que dependen diferentes servicios, existiendo una estructura diferenciada entre pequeños y grandes animales.